Кафедра была открыта в 1977 г. и первоначально называлась кафедрой теоретической физики (переименована в 1994 г. в кафедру прикладной математики и вычислительной техники). В разные годы кафедрой руководили канд. техн. наук, доц. М. Л. Трахтенгерц (1977-1980); канд. физ.-мат. наук, проф. А. Н. Державин (1980-1984); канд. техн. наук, доц. В. П. Семенов (1984-1988); д-р физ.-мат. наук, проф. С. И. Кадченко (с 1988 г. по настоящее время). В 2014 году кафедра прикладной математики и вычислительной техники переименована в кафедру прикладной математики и информатики.