Возникновение кафедры прикладной математики и информатики в современном её представлении состоялось 10 января 2020 г. на основе слияния двух кафедр: прикладной математики и информатики и высшей математики. При этом каждая из кафедр имеет свою уникальную историю.

В 1977 г. в Магнитогорском государственном педагогическом институте (позднее Магнитогорском государственном университете) была открыта кафедра теоретической физики, которая в 1994 г. была переименована в кафедру прикладной математики и вычислительной техники (ПМиВТ). В разные годы кафедрой ПМиВТ руководили: кандидат технических наук, доцент М.Л. Трахтенгерц (1977-1980); кандидат физико-математических наук, профессор А.Н. Державин (1980-1984); кандидат технических наук, доцент В.П. Семенов (1984-1988); доктор физико-математических наук, профессор С.И. Кадченко (1988-2020). На кафедре работали кандидаты технических наук, доценты Л.М. Велюс, Н.И. Дмитриева, А.Б. Щадрина, А.И. Кадченко, кандидаты физико-математических наук, доценты А.П. Давыдов, А.С. Великих, О.Г. Китаева, С.Н. Какушкин, кандидаты педагогических наук, доценты А.В. Христева, Т.Е. Романова, старшие преподаватели М.Р. Аванесян, С.А. Алфимов, Н.А. Терёшкина, В.Л. Лагунов, Л.И. Лагунова, В.В. Шадрин. В 2014 году кафедра прикладной математики и вычислительной техники была переименована в кафедру прикладной математики и информатики.

Чувство глубокой благодарности и высокого уважения вызывает светлая память о Г.С. Василенко – первом заведующем кафедрой высшей математики Магнитогорского горно-металлургического института, геройски погибшем в боях за Родину. Данная кафедра одной из первых была создана в институте в октябре 1934 года и периодически меняла название. Кафедрой руководили: Г.С. Василенко (1934-1941); В.И. Шнейдмюллер (1948-1961); Г.Ф. Бачурин (1961-1972); М.И. Артемьев (1972); В.Д. Червяков; кандидат физико-математических наук, профессор М.В. Бушманова (1994-2006); кандидат физико-математических наук Е.А. Пузанкова (2006-2020). На кафедре работали: кандидат технических наук, доцент Л.П.Судакова, В.А. Коротецкая, М.В. Быкова, Н.А. Квасова, Н.Ф. Савушкина, кандидат технических наук, доцент Л.Д. Девятченко, кандидат физико-математических наук, доцент А.Г. Терентьев и многие другие высокопрофессиональные преподаватели.

С 1 сентября 2020 г. руководителем кафедры прикладной математики и информатики является доктор технических наук, доцент Ю.А. Извеков.